敦煌石窟保护研基会是在国家有关领导的关注、国内外有识之士和敦煌研究院的支持、资助下,中国人民银行批准,在民政部注册登记,由国家文物局主管的全国性公募基金会,其高领导机构为理事会。理事会下设办公室和专家委员会。办公室负责基金会日常事务、财务管理、募捐及公益活动;专家委员会是审议、咨询机构。其宗旨是遵守国家法律、政策,遵守社会道德风尚,用公募资金从事中国敦煌石窟保护、研究、弘扬的公益活动。
敦煌石窟保护研基会的任务是:接受关心和支持敦煌保护、研究事业的自然人、法人或其他组织的自愿捐助;资助敦煌石窟的科学保护与修复;资助有关敦煌学的科研项目和科研成果的出版;资助国内外敦煌保护、研究的学术交流和人才培养;同国内外有关团体、研究机构或个人合作举办与敦煌有关的讲座、学术研讨会等活动;为国内外有关团体、研究机构或个人提供敦煌学研究资料、科研成果、信息咨询等服务。